祖辈相传的民俗作家一色正和（堺雅人 饰）与仰慕他的青年编辑亚纪子（高畑充希 饰）结为夫妇，新婚燕尔，夫妇俩亲昵无间，携手返回一色的出生地镰仓。回到镰仓不久，单纯的亚纪子就被眼前走过的河童小人吓了一跳。

自从七原秋也与中川典子从新世纪教育法（简称BR）中逃出，两年转眼就过去了。人类社会进入了恐怖主义时代！首都在反BR国家的恐怖分子的袭击下，化为一片废墟。政府当局认定凶犯为七原秋也，开始了对其国际通缉。

距今一百年前的日本，流行着一种被称为“虫”的神秘生命体，它无形无色，几乎不属于任何一个科属，却可对人类的精神和身体产生巨大的影响。白发独眼的男人银古（小田切让 饰）天生具有特殊体质，他可以感知到虫的存